Con Javi Gracia, la presidencia cadista repetía de nuevo la fórmula de apostar por un entrenador joven sin experiencia pero con mucho futuro, que llevaba utilizando, a excepción de Espárrago, desde que Jose González nos sacara del pozo en la campaña 02-03.

El preparador navarro cumplía con ese perfil: su única experiencia relevante en los banquillos había sido en el Pontevedra. Gracia recibía un caramelo envenenado: devolver al fútbol profesional a un equipo que tras vivir la cresta de la ola, había caído con gran estruendo en un espacio de tiempo muy corto. Ahora la afición ya no jaleaba hasta los saques de banda ni abarrotaba el estadio aunque el equipo no tuviera ya opciones: ahora había que ganarse el favor del público, que no iba a pasar ni una.

Sin embargo, el pamplonica manejó perfectamente esa presión, y pronto se metió a los suyos en el bolsillo. Utilizó perfectamente sus recursos, y el equipo daba muestras de seguridad en todo momento, de saber a lo que jugaba, de tener ganas y hambre, pese a la diferencia notable con sus rivales, en lo deportivo y en lo histórico.

Terminó consiguiendo el único objetivo admitido, y a pesar de que su nombre sonó para clubes de Primera, apostó por ser el técnico del retorno a la categoría de plata.

Sin embargo, en la misma, las cosas no le fueron bien antes tan siquiera de empezar. Ya en verano, el navarro insinuaba que el club no estaba fichando los jugadores que él estaba pidiendo, y que así, sería muy complicado conseguir los objetivos. Bajo su mando, el cuadro amarillo tuvo un prometedor inicio de campeonato en su retorno a Segunda, pero conforme fueron pasando las semanas la escuadra amarilla se iba hundiendo más y más en la clasificación. En el primer partido de 2010, Gracia y los suyos caen con estrépito en casa frente al Nástic, y ya ese día se habla de posible cese. No se confirmó, pero simplemente se aplazó. Una semana después el Cádiz juega en Anoeta ante una Real que está imparable. Los andaluces salen goleados de San Sebastián, y la misma noche del partido, Peguero comunica al navarro que deja de ser el técnico amarillo.