Directivo en la época de Manuel Irigoyen, Muñoz accede a la presidencia por primera vez en la temporada 95-96, entonces compartida con Manuel García.
Desde entonces, el empresario cordobés ha estado ligado al Cádiz, casi siempre como máximo accionista y cabeza visible, aunque también hubo paréntesis, como los de ADA y Rafael Mateo, o el amago de venta a Arturo Baldasano.
Desde hace dos años se había retirado de la primera línea (quedando esta para presidentes floreros como Huguet o Juan Jose Pina), si bien seguía manejando el club en la sombra. La temporada pasada cedió todo el poder a Quique Pina, con el que finalmente no ha llegado a un acuerdo para la venta de la entidad.
Deja el club ahora en manos de la familia italiana Gaucci