Mala temporada en general para el Cádiz, aunque considerando el infierno por el que había pasado el año anterior (a punto de desaparecer, teniendo que fusionarse con el Hércules Gaditano y compitiendo en Regional), se puede dar por buena la apretada permanencia que consiguió el cuadro dirigido por Juan Bejarano. Y es que el conjunto amarillo apenas tuvo tiempo de preparar el equipo y la plantilla, ya que no consiguió su ascenso a Tercera hasta septiembre, gracias a la retirada del Calavera y la posterior promoción con el Atlético Tetúan.

De aquí se obtiene la explicación del pobre rendimiento deportivo de la campaña 45-46, que la encontramos en los fichajes, la mayoría de ellos, fallidos. Llama la atención el caso de Lafuente, que como cuenta Balpiña en su libro, costó un dinero importante, para terminar resultando que estaba lesionado de riñones (así jugó tan sólo cuatro encuentros). Tampoco funcionó el portero Cuesta que, si bien jugó varios partidos, según leemos en las crónicas de la época, era bastante inseguro y dejaba mucho que desear bajo los palos. Sí destacó Cazorla, que se llevó muchas ovaciones en Mirandilla, y que habría de ser un jugador muy destacado en años venideros.

El Cádiz queda encuadrado en el grupo X de Tercera, y sus rivales son: Algeciras, Málaga, Coria, Onuba, Melilla, Linense, Olímpica Jiennense, Linares y Patronato Larache.

En las cinco primeras jornadas el Cádiz muestra caras muy diferentes: empate inicial con juego pobre en Algeciras, derrota vergonzante en Coria, gran triunfo ante el Melilla (remontando un 0-2 adverso), tremenda goleada en Jaén, y victoria merecida, aunque "in extremis", frente a Larache. Así, los amarillos promedian un punto por encuentro, que les sitúa en la parte media alta de la tabla, números bastante aceptables dadas las circunstancias anteriormente descritas.

A partir de aquí, peligrosa caída libre: tres derrotas en La Línea, en Mirandilla ante el Recre, y finalmente, una sonrojante goleada en el campo del líder (el Málaga, que nos vapulea con un contundente 7-2) nos dejan en el farolillo rojo de la tabla, lugar que nos devuelve de nuevo al campeonato regional, y quien sabe si a, esta vez sí, la desaparición total del club.

Por fortuna, queda tiempo para la reacción, que llega siete días más tarde, en el último partido de la primera vuelta, en el que los pupilos de Bejarano se imponen al Linares (rival directo en la lucha por la permanencia), si bien esos dos nuevos puntos no nos valen todavía para salir de lo más bajo de la clasificación.

Una nueva goleada a domicilio (4-0 en Algeciras) vuelve a encender todas las alarmas: por tercera semana consecutiva los amarillos cierran la tabla del grupo X. La debilidad del Cádiz en defensa, y la candidez de su guardameta están pasando mucha factura.

Por fin los gaditanos sacan un poco la cabeza tras vencer al Coria en casa, por 4-2, dejando así el último lugar a los del Aljarafe. Comienza así la carrera por la salvación, que habría de cimentarse en los partidos en Mirandilla, pues lejos de Cortadura no había forma de arrancar puntos. Así, se alternan la derrota en Melilla, la victoria frente al Jaén, nueva derrota en Larache, triunfo frente a la Balona, fracaso en Huelva y finalmente, la victoria en Mirandilla frente a todo un Málaga (que terminaría siendo campeón de grupo para ascender a la división de plata en la siguiente fase), que certificaba la permanencia definitiva. Eso ahorró una tarde de infarto junto a los transitores a la hinchada cadista, y es que, de haber perdido, los amarillos se habrían jugado el todo o nada en Linares (que ocupaba el último puesto antes de empezar la última jornada) una semana después. Flaco favor le hizo el cuadro de Bejarano a los coprovincianos de Algeciras, ya que la victoria de Linares propició que los jiennenses alcazaran a los rojiblancos, que cayeron muy severamente en La Rosaleda por 7-0, quedando relegados al último puesto de la tabla (si bien terminarían no descendiendo por una reordenación de la categoría).

Así pues, tras una segunda vuelta tan peculiar (victoria en todos los partidos en casa, derrota en todo lo que se jugaba fuera, de hecho, los de Bejarano no sumaron ni un solo punto como visitantes), la entidad conseguía la permanencia en Tercera. El puesto obtenido en la clasificación no le daba para llegar a la promoción de ascenso, así que tuvo que conformarse con jugar la Copa Federación y la Copa Primavera de ahí a final de temporada. Menos da una piedra.

La temporada concluye con la dimisión, el 30 de junio, de Enrique Alcina, que es sustituido por el aclamado militar navarro Julián Arana.